世祖即位后，设立专门掌管皇帝符玺的符宝局，文忠为皇帝侍从官，授予奉训大夫职衔。这样，在皇帝身边工作，之于皇帝更加近密，有时皇帝不称呼他的名字，亲切地直接唤他“董八”。文忠从不故意取悦于皇帝，而是针对不同情况进行纳谏。因为都是皇帝亲自处理的机密事宜，文忠到底提些什么建议，外间都不大清楚。至元二年，安童以右丞相的身份主持中书省，其他官员请示十余件事，安童都认为有违圣意，拟予驳回。文忠说：“丞相素来具有敦厚贤良的名声，如今刚刚入主中书省，人人都想表现自己，赢得你的好印象，你一次就驳回这么多人的意见，今后让大家如何工作。”就在旁边代为答对，说得中肯而又透彻，如同是他自己写的条陈，方才得到批准。至元八年，‘侍讲学士图单公履欲奏行贡举，知帝于释重教而轻禅，乃言儒亦有之，科举类教，道学类禅。’皇帝听后大怒，立即召姚枢、许衡和宰相到朝廷来辩争。正好文忠也从外面进来，皇帝就朝文忠发泄：“你天天诵读四书，一定也是个道学家。”文忠对曰：“陛下经常说：不治经史、不讲孔孟之道，光知道诗词歌赋，对修身有何关系？对治国有何裨益！因此，我国的士子，都知道为治国而学。臣我如今所习读的，全部是孔孟之道，哪里懂得所谓的什么道学！这都是庸俗的腐儒们，固守前朝亡国的陋习，想推行他们的邪说，故意这么说出来，蛊惑圣听。决不是陛下所教导人们的修身治国的道理。”此事也就作罢。

至元十一年伐宋时，民众因供军需而显得非常困顿。文忠奏请免除常年的赋税，皇帝准许。皇帝曾经召见宋朝的降将，平心静气的询问，宋朝所以灭亡的原因，都说：“贾似道奸相掌权，轻薄武将而重用文官，兵将们愤恨奸相，因而缺乏斗志。所以蒙古大军一到，立刻扔掉盔甲逃命去了。”皇帝问文忠：“这种说法怎么样？”文忠驳斥那些降将说：“贾似道轻视你们是不假，可皇帝却不是这样，为了使你们身贵，封你们做官；为使你们富有，给你们俸禄，这不能算不重视你们吧？可是你们却把怨恨奸相的怒气转嫁到皇帝身上，在江山社稷遇到危难时，为肯为皇帝去战斗，眼睁睁看着国家灭亡。你们这样的人，做臣子的节操哪里去了！还厚着脸皮讲什么贾似道不重用你们，难道贾似道早就知道你们靠不住，故而不重用你们吗！”皇帝听了文忠一通议论，深深点头赞许。

皇帝曾经设想，把大都附近的猎户迁到古代楚国的地方，因文忠上奏而终止；又奏请‘罢官鬻田器之税’，让民众自己做主。当时盗贼很多，抓住后按诏书皆杀不赦，监狱到处爆满。文忠说：“杀人越货，与偷盗一个铜钱，均被定为死罪，这太残酷了，恐怕违背了陛下珍爱生灵的恩德。”下命令革除。有人向皇帝告发，汉族人打伤了蒙古人、太府监属卢甲盗剪宫布。皇帝大怒，命令斩首示众。文忠说：“如今主刑的官员，对已经供认不讳的死刑犯，尚需要慎重评议，岂可因一个人向皇上告发，骤然处以重罪！应该交给主管官员核实，然后再下命令。”皇上于是命文忠和近臣突满分头去核实，都是诬状，下诏放回。皇帝因此责备那些侍臣们说：“我方才发怒时，你们都不敢说话。若不是董文忠开悟朕心，险些杀掉两个无辜之人，那就会让朝廷内外议论纷纷。”因而，赏赐给文忠金酒杯，并做解释说：“这是为了鼓励大臣们直言纳谏。”裕宗也对宫臣说：“如今皇上天威方震，文忠则敢从容不迫地谏言，实在是难能可贵。”太府监属带着礼物去晋见文忠，哭泣着拜谢：“是董公你重给了我一条命。”文忠说：“我平常并不知道你，所以相救你于危机之中，是为了让国家的刑罚平等对人，哪是为了让你个人报答我。”不接受他的礼物。

自从安童北伐走后，阿合马独长国务大权，提拔重用亲信党徒，最惧怕希宪归来重新为相，遂使诡计，奏请皇上让希宪以右丞相之职行省江陵。文忠表示反对说：“希宪是国家很有声望的大臣，不宜让他长时间地离开宰相的位子，辜负人民的期望，应该早些把他召回来。”皇帝痛快地答应下来。十六年十月，文忠向皇帝奏曰：“燕王开始为中书令、枢密使，精力多放在中书省。自从册封为太子之后，屡次明确让其学习掌管军机大事。然而，至今已有十余年，仍不能到枢密院大胆视事，这不怪太子不奉诏命，只怨朝廷没有采取到位的措施。军国大事研究决定之后，才明白无误地晓谕太子，太子不可能再提出违背君命的意见，只有惟命是从而已。按我的想法，不如让专管部门先拿出意见，若有不妥之处，朝廷议后下诏帮助，理顺关系，限定不可逾越的界限，这样，太子就不会推脱责任了。”皇帝当日就把大臣们召集起来，当面说明这个意思，使太子照此行事。并对太子说：“董八文忠，是诚心实意培植国家的根基，无论在什么情况下，你都不能忘记。”礼部尚书谢昌元请求设立门下省，接受大臣奏折，代替皇上发号施令，借以杜绝中书省里面的亲近者在奏请时徇私的弊端。皇帝也执意要成立这个部门，就召大臣们在朝廷商议，首先冲着翰林学士承旨王磐说：“像这样有益国家的大事，你不首先提出来，反而让南方后来的臣子奏告我，你那么高的学问又有何用！今天一定要把成立门下省的事情办妥。”第三天，廷奏文忠为门下省侍中，其下属有数十人。有的近臣不服气，得便便向皇帝进谗言：“陛下要设门下省，现在的确正逢其时。但是，任命的大臣应当是：上可让圣上放心，下可让百姓觉得起用了新人。现在听说圣上任命了盗诈之臣，使其处于君臣之间，最为不好。”此人的话，虽不提文忠的名字，句句却暗指文忠。文忠听了当然气愤，马上进行辩驳：“皇上经常说我不盗不诈。今天你当着我的面说这些话，显然是冲着我来的，请你把话说清楚，我在何时有盗有诈！”皇帝命发言者举出事实，文忠边听边驳斥，并检举此人的害国害民之事。皇帝说：“我心里非常清楚，你不用为自己辩护。”此人更加嫉妒文忠，想方设法予以加害。但是，文忠一生清白、谨慎，此人无从下手，就以万贯铜钱为文忠祝寿，以交往和好。文忠还是不答应。文炳在任中书左丞职务时去世，当时的太傅伯颜曾经递表，荐举文忠可以任左丞。皇帝也同意接替文炳的职务。文忠推辞说：“臣的兄长文炳有平定南方的功劳，他可以居此职位。我只不过在内廷服务，没有为国出大力，怎敢居处那样的高位！”